直接測(cè)量RF質(zhì)譜儀可用作直接測(cè)量?jī)x器。

通過使用不同的離子源，RF質(zhì)譜儀用作通用分析化學(xué)工具。

特別是在長(zhǎng)期測(cè)量中，RF質(zhì)譜儀產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量明顯小于其他平行測(cè)量質(zhì)譜（飛行時(shí)間質(zhì)譜等）。

Tendem質(zhì)譜（MS-MS）由于RF質(zhì)譜儀（分辨能力）的分辨率低，缺乏識(shí)別未知物質(zhì)的能力。

通過多級(jí)質(zhì)譜，離子通過兩組四極系統(tǒng)之間的分開的腔室裂解。

因此，分析特定質(zhì)量的離子的碎裂以獲得離子的結(jié)構(gòu)信息。

裂解方法包括碰撞誘導(dǎo)解離（CID），其中注入氣體與離子碰撞，并且還存在直接通過電子槍（電子離解）進(jìn)行電子裂解的方法。

多級(jí)質(zhì)譜在生物化學(xué)和有機(jī)化學(xué)中起著至關(guān)重要的作用。

色譜 - 質(zhì)譜法色譜質(zhì)譜法中最典型的應(yīng)用是氣相色譜 - 質(zhì)譜（GC-MS）和液相色譜 - 質(zhì)譜。

優(yōu)點(diǎn)是色譜質(zhì)譜的組合解決了如果離子之間的質(zhì)量太相似則質(zhì)譜中的質(zhì)量無法分辨的問題。

在色譜中，保留時(shí)間（RetensionTime）給出了混合物中不同物種的結(jié)構(gòu)信息，預(yù)分離操作增加了質(zhì)譜儀的置信度。

該方法類似于離子遷移質(zhì)譜（離子遷移譜-MS，IMS-MS）。

應(yīng)用該方法的困難在于如何將色譜設(shè)備與質(zhì)譜設(shè)備耦合。

最常見的方法是電噴霧電離（ESI）。